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职级不同。审计局总审计师是副总工程师、副总经济师，副局长是总工程师、总经济师。地方各级审计局均为行政单位，国家公务员编制。审计局是主要负责地方政府各部门和所有企事业单位的审计监督工作的组织机构。
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这个问题本身提得有点问题。按干部人事任免规定，审计局的总审计师是审计局的领导，一般由政府行文，发到审计局。但是同时是审计局党组成员的时候，由政府党组行文，发到审计局党组，任命为审计局党组成员和总审计师。也有的地方党政不分，由党委组织部行文，发到审计局党组。
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区别是总审计师协助本单位主要负责人管理内审工作，切实保障内审机构高效运行，党组是党在中央和地方国家机关、人民团体、经济组织、文化组织和其他非党组织的领导机关中设立的领导机构，在本单位发挥领导作用，是党对非党组织实施领导的重要组织形式。
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