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三年有效期是注册的有效期。《执业药师注册管理暂行办法》提到的：第十条执业药师注册有效期为三年。持证者须在有效期满前三个月到原执业药师注册机构申请办理再次注册手续。超过期限，不办理再次注册手续的人员，其《执业药师注册证》自动失效。
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资格证不会过期，但是你注册到一个单位后，有期限，期限到了就要再注册，假如到了不继续注册到这家单位，就不用管，但是注册证的副本要拿走自己保留，以备下一次注册到新的单位，注册证的拥有权是你本人，不是单位的。
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