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公务员病假超三个月，年度考评不会被评为不合格。
根据《公务员考核规定（试行）》第十条的规定，公务员具有下列情形之一的，应确定为不称职等次：
1、思想政治素质较差；
2、业务素质和工作能力不能适应工作要求；
3、工作责任心或工作作风差；
4、不能完成工作任务，或在工作中因严重失误、失职造成重大损失或者恶劣社会影响；
5、存在不廉洁问题，且情形较为严重。
公务员考核的结果分为优秀、称职、基本称职和不称职四个等次。
基本称职属于有问题要改进，公务员具有下列情形之一的，应确定为基本称职等次：
（一）思想政治素质一般；
（二）履行职责的工作能力较弱；
（三）工作责任心一般，或工作作风方面存在明显不足；
（四）能基本完成本职工作，但完成工作的数量不足、质量和效率不高，或在工作中有较大失误；
（五）能基本做到廉洁自律，但某些方面存在不足。
参考资料来源：百度百科-公务员考核规定
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公务员一年病假不能超过几天在法律上没有规定，应当根据生病情况，以及治疗情况来确定，对于机关事业单位伤病残人员，不符合退休、退职条件，经医院证明不能坚持正常工作，所在单位批准修养的，其病假期间的工资发放比例为：1.工作人员病假在2个月以内的，发给原工资;病假超过2个月的，从第3个月起，工作年限不满10年的，发给本人工资的90%，工作年限满10年的，工资照发。2.病假超过6个月的，从第7个月起，工作年限不满10年的，发给本人工资的70%，工作年限满10年的，发给本人工资的80%。工作人员在病休假期间，继续享受所在单位的生活福利。3.工作人员病假超过6个月以上的时间不计算连续工龄。病休人员要求恢复工作的，需出具医院关于病愈的证明。4.恢复工作后，因工作过于劳累旧病复发，或另患其他疾病需要继续休养的，其病假时间可以重新计算，否则其恢复工作前后的病假时间连续计算。二、事假期间的工资待遇1、工作人员请事假全年累计未超过20天或一次性事假未超过15天(不含公休节假日，下同)的，原工资照发。2、工作人员请事假全年累计超过20天或一次性事假超过15天的，其超过天数的工资按本人基本工资的70%计发。3、工作人员请事假全年累计超过30天的，其超过天数的工资按本人基本工资的50%计发。4、工作人员全年事假累计超过60天的，超过天数停发本人全部工资。5、工作人员凡未经请假擅自离开工作岗位，或者假满未经续假而逾期不归的，按旷工论处。旷工6天及以下的，扣除本人旷工天数的基本工资;旷工7天以上的停发本人当月全部工资。公务员与普通的工作者一样在病假期间用人单位也是必须要支付劳动者薪水的，但如果公务员请的是长期病假而且也超过了法律规定的期限，那么用人单位就会按照劳动者的工作年限来进行计算工资的发放，具体情况可以咨询用人单位了解。
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