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从描述来看，此种情况不需要扣驾驶证三个月。因为根据《道路交通安全违法行为处理程序规定》第31条中的规定：“有下列情形之一的，依法扣留机动车驾驶证：（一）饮酒后驾驶机动车的；（二）将机动车交由未取得机动车驾驶证或者机动车驾驶证被吊销、暂扣的人驾驶的；（三）机动车行驶超过规定时速百分之五十的；（四）驾驶有拼装或者达到报废标准嫌疑的机动车上道路行驶的；（五）在一个记分周期内累积记分达到十二分的。”从上述规定并结合描述来看，描述中的情况驾驶营运车辆有驾驶证，且有从业资格证，只是没有营运证，此种情况不具备扣留驾驶证3个月的条件，所以说描述中的情况应该不需要扣驾驶证。
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驾驶证暂扣对资格证不会造成影响，道路运输从业人员管理规定持证人死亡的、经营性道路客货运输驾驶员60周岁的、经营性道路客货运输驾驶员、道路危险货物运输驾驶员的机动车驾驶证被注销或者被吊销的、超过从业资格证件有效期180日未申请换证的由发证机关注销其从业资格证件。根据《道路运输从业人员管理规定》
第三章从业资格证件管理
第三十二条 道路运输从业人员有下列情形之一的，由发证机关注销其从业资格证件：（一）持证人死亡的；（二）持证人申请注销的；（三）经营性道路客货运输驾驶员、道路危险货物运输从业人员年龄超过60周岁的；（四）经营性道路客货运输驾驶员、道路危险货物运输驾驶员的机动车驾驶证被注销或者被吊销的；（五）超过从业资格证件有效期180日未申请换证的。凡被注销的从业资格证件，应当由发证机关予以收回，公告作废并登记归档；无法收回的，从业资格证件自行作废。
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