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1、计税：
零税率：零税率是在计算缴纳增值税时，销项税额按照0%的税率计算，进项税额允许抵扣。
免税：增值税中的免税只是免去某一生产、流通环节的税款，其他各环节税款则不能免除，且进项税额不允许抵扣。
2、核算：
零税率：实行零税率的其进项税额允许抵扣，涉及进项税额的退还。同时，销售零税率的货物，其销售额计入全部销售额，销项税额为0。因此，零税率货物进项税额需要进行核算，销项税额不需要进行核算。
免税：进项税额不允许抵扣，会计核算中进项税额直接计入货物的成本。销售免税货物，只能开具普通发票，其收入计入销售收入，不计算销项税额。因此，免税货物的进项税额与销项税额都不需进行核算。
3、管理：
零税率：零税率是增值税的一档税率，只要符合文件规定，就可以适用零税率，无须税务机关审批或备案。
免税：免征增值税属于税收优惠，要按照税收优惠管理的相关要求，或先经税务机关审批，或报送税务机关备案。
法律依据:
《适用增值税零税率应税服务退（免）税管理办法》
第三条 增值税零税率应税服务适用范围按财政部、国家税务总局的规定执行，起点或终点在境外的运单、提单或客票所对应的各航段或路段的运输服务，属于国际运输服务，起点或终点在港澳台的运单、提单或客票所对应的各航段或路段的运输服务，属于港澳台运输服务。
第四条 增值税零税率应税服务退（免）税办法包括免抵退税办法和免退税办法，具体办法及计算公式按《财政部 国家税务总局关于出口货物劳务增值税和消费税政策的通知》（财税〔2012〕39号）有关出口货物劳务退（免）税的规定执行
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法律分析：一、概念不同
1、免税
属于原本需要征税的而根据税法相关规定，给予某些项目取得收入免予缴纳增值税的税收优惠。
2、零税率
增值税税率的一种，主要适用于纳税人出口货物和跨境应税行为。零税率在计算缴纳增值税时，销项税额按照0%的税率计算，进税额允许抵扣。
二、适用时间不同
1、免税
纳税人发生应税行为适用免税、减税规定的，可以放弃免税、减税，按规定缴纳增值税。放弃免税、减税后，36个月内不得再申请免税、减税。
2、零税率
纳税人销售适用增值税零税率的服务或无形资产的，可以放弃适用增值税零税率，选择免税或按规定缴纳增值税。放弃适用增值税零税率后，36个月内不得再申请适用增值税零税率。
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》
第一条 为了加强税收征收管理，规范税收征收和缴纳行为，保障国家税收收入，保护纳税人的合法权益，促进经济和社会发展，制定本法。
第二条 凡依法由税务机关征收的各种税收的征收管理，均适用本法。
第三条 税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行;法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。
任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。
第四条 法律、行政法规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。
法律、行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。
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