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1、独立性不同:根据IIA国际内部审计师协会于2011年发布的IPPF内部审计实务框架第1100、1110章节，内部审计的独立性包含两方面，一方面是指内审人员履职时免受威胁，另外一方面指审计组织机构的独立，即与董事会的汇报关系的独立。相比外部审计常用的《独立审计准则》，因两者的目标不同和服务对象不同，导致两者独立性不相同。2、两者的审计目标不同:外部审计的目标常常受到法律和服务合同的限制，如常见业务——财务报表审计的目标是财报的合法性、公允性作出评价，而内部审计的目的是评价和改善风险管理、控制和公司治理流程的有效性，帮助企业实现其目标。3、两者关注的重点领域不同:外部审计的关注重点领域受到法律和合同的指定，例如财务报表审计中，外部审计主要侧重点是会计信息的质量和合规性，也就是对财报的合法性、公允性作出评价。而内部审计主要侧重点是经济活动的合法合规、目标达成、经营效率等方面。4、业务范围不同:外部审计的业务范围受到法律和合同的指定，如财务报表审计、内部控制审计、鉴证审计、尽职调查等业务。而内部审计是以企业经济活动为基础，拓展到以管理领域为主的一种审计活动。5、审计标准不同:内部审计的标准是非法定的公认方针和程序，如IPPF；外部审计的标准是法定的独立审计准则和相关法律法规。6、专业胜任能力要求不同:内部审计要求具备一定的管理知识水平，由于内部审计的目标是帮助企业实现其目的，改善机构运作并增加价值，故要求内部审计人员具备一定的管理知识与水平。
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法律分析：财务报表审计的审计意见的类型分为5种，分别是：
1、标准的无保留意见：说明审计师认为被审计者编制的财务报表已按照适用的会计准则的规定编制并在所有重大方面公允反映了被审计者的财务状况、经营成果和现金流量。
2、带强调事项段的无保留意见：说明审计师认为被审计者编制的财务报表符合相关会计准则的要求并在所有重大方面公允反映了被审计者的财务状况、经营成果和现金流量，但是存在需要说明的事项，如对持续经营能力产生重大疑虑及重大不确定事项等。
3、保留意见：说明审计师认为财务报表整体是公允的，但是在存在影响重大的错报。
4、否定意见：说明审计师认为财务报表整体是不公允的或没有按照适用的会计准则的规定编制。
5、无法表示意见：说明审计师的审计范围受到了限制，且其可能产生的影响是重大而广泛的，审计师不能获取充分的审计证据。
法律依据：《中华人民共和国会计法》
第九条 各单位必须根据实际发生的经济业务事项进行会计核算，填制会计凭证，登记会计帐簿，编制财务会计报告。
任何单位不得以虚假的经济业务事项或者资料进行会计核算。
第十条 下列经济业务事项，应当办理会计手续，进行会计核算：
（一）款项和有价证券的收付；
（二）财物的收发、增减和使用；
（三）债权债务的发生和结算；
（四）资本、基金的增减；
（五）收入、支出、费用、成本的计算；
（六）财务成果的计算和处理；
（七）需要办理会计手续、进行会计核算的其他事项。
第十一条 会计年度自公历1月1日起至12月31日止。
第十二条 会计核算以人民币为记帐本位币。
业务收支以人民币以外的货币为主的单位，可以选定其中一种货币作为记帐本位币，但是编报的财务会计报告应当折算为人民币。
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