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工程财务决算审计的步骤和方法如下：
1、建设安装投资审计、审查施工预算是否真实、可靠、有没有高估、冒算多计工程量、高套定额、增加取费系数、自行抬高材料、人工单价等个种多算工程造价情况；
2、设备投资审计、审查设备规格、型号是否与发票相符、并且与市场同类设备价格比较，是否有以次充好、设备的性能是否先进等；
3、待摊投资、是指一个建设项目共同发生的投资（例如：土地征用费、青苗补偿费、设计费、建设单位管理费等），审查该项投资发生的是否合理、有没有乱摊乱占、虚列支出、无中生有、现象，是否有“不可告人”的费用在其中混绕；
4、转出投资的审计、该项审计业务是指有的建设项目，完工后要划拨给其他单位投资共建的项目（或统建单位），审查该项投资转出的是否合理、真实，有没有将投资额人为的少算，把“应摊销的投资留在原投资帐内留作他用”；
5、应核销投资审计，该项业务审计是指建设项目建设过程中，发生的各种税金、罚款等，按规定，这部分投资不能计入工程成本，必须做核销处理，这部分审计主要审查投资的合规、真实、尤其罚款的票据是否属于本工程应该发生的，有没有其他罚款计入本投资内，有没有虚假因素等。
工程财务决算审计是一个建设项目完工验收后，对各种投资进行审计（建设安装投资、设备投资、待摊投资、转出投资、应核销投资），审查投资的真实性、合法性、公允性。
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工程决算审计，就是工程竣工后的工程审计。是为了最终核实并确认工程总造价。 工程审计是依据国家《审计法》等相关规定，对工程概、预算在执行中是否超支，有无隐匿资金、截留基建收和投资包干结余，以及有无以投资包干结余的名义私分基建投资的违纪行为等。审计是以基建项目为标的，以会计师、审计师为主要从业人员。工程审计包括两大类型：工程造价审计和竣工财务决算审计造价审计一般是对单项、单位工程的造价进行审核，其审计过程与乙方的决算编制过程基本相同，即按照工程量套定额。这由造价工程师完成。对于建设单位来说，由于造价审计只是审核单项、单位工程的合同造价，一个建设项目的总的支出是由很多单项、单位工程组成的，而且还有很多支出比如前期开发费用、工程管理杂费等是不需要造价审计的，所以还要有一个竣工财务决算审计，就是将造价工程师审定的，和未经造价工程师审核的所有支出加在一起，审查其是否有不合理支出，是否有挤占建设成本和计划外建设项目的现象等，来确定一个建设项目的总的造价。这由注册会计师完成
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工程决算审计费能在税前扣除的。企业支付的工程决算审计费，实际上是企业向提供审计服务的单位支付的一项服务费。在企业取得该业务对应的合法票据的情况下，是可以在税前进行扣除的。
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