生物信息学培训班

一个物种基因组计划的完成，就意味着这一物种学科和产业发展的新开端。——向仲怀院士基因组/基因DNA测序是基因组学研究的基础。动物、植物与微生物,伴随着人类共同组成这个地球上的生态环境。解码它们的基因组/基因是研究它们的性状和进化过程的起点。对于一些与我们生活密切联系的物种来说，例如水稻，解读它们的基因组/基因能够大大加速生物技术的产业化过程。目前，华大基因的科学家正在对地球上不同的生物进行测序,并对他们的基因组解码构建“生命之树”。华大基因目前正在开展的相关项目有：国际大熊猫基因组计划“世界三极”动物基因组计划黄瓜基因组计划兰花基因组计划 群体关联分析：大规模的疾病关联分析及重测序研究的方案设计、生物信息学分析和生物学解释策略的开发和应用。癌症基因组计划：利用测序及高通量突变检测方法识别与癌症发生发展相关的关键基因。古人类基因组：探索古人类的遗传学特征。 全基因组从头测序计划：牵头发起构建更多重要真核生物的基因组参考图谱的研究计划。大规模基因组重测序计划：通过对已经有基因组参考序列图谱的亚种和个体进行大规模重测序，并对数据进行深度挖掘，探索和研究相关群体的遗传变异和进化。 宏基因组学：研究直接从环境中提取的遗传物质。微生物基因组测序：建立有重要价值的微生物基因组的参考序列图谱。 被誉为20世纪的生命科学阿波罗计划的人类基因组计划开辟了生命科学的新篇章。从2000年完成第一个人类基因组图谱以来，在短短不到十年的时间内，基因组的技术和科学取得了巨大进展，除了更多更为精确的人类和各种种类的生物体基因组图谱得以解析，而且基因组科学研究的技术本身也得到跨越式的发展，新的、更高通量，更低成本的测序技术和更为高效和精确的分析计算技术使得基因组科学迅速渗透到生命科学的各个领域，并已开始迈向实用阶段，成为迎头而来的转化医学，以及农业和工业生物技术的支撑技术。基因组科学所产生的巨大的生物信息数据使得生命科学进入一个以基因组为基础的数字医学或数字生命科学时代，并将成为21世纪生命科学的主流技术领域。高效整理、分析、挖掘测序得到的海量基因组数据，解析生命现象，回答科学问题和提供应用基础是基因组科学，乃至整个数字生命科学的面临的最大挑战，并具有多学科交叉综合的特点，需要包括数理、计算机、软件和生物科学的交叉配合。然而，目前 们现行的教育体系和模式难以快速培养适合这一重要发展领域的人才，需要一种结合现实和未来实际需求的复合型学科人才的培养模式和体系。华大基因研究院经过多年的探索和实践，通过与多家拔尖大学合作已经探索出一套完整的本科生，特别是低年级本科生新型生命科学前沿人才培养的体系，开创了一套以大科学问题为切入点的边研究、边学习的“以任务带学科、带产业、带人才”—华大基因研究院全新和独特前沿人才培养模式，并取得了显著的成就。培养目标就是以一种全新的教育理念和模式培养适合未来生命科学前沿发展，以及新兴生物技术产业的拔尖人才。在过去十年间，在华大基因研究院，一大批本科学生通过这一体系的培养迅速成为具备掌握跟踪前沿发展，掌握先进技术，并具备实战经历和能力的优秀生命科学复合型人才，走上重要的工作岗位，做出在Nature、Science等知名科学杂志上发表论文的出色成就。在此基础上， 们已与华南理工大学等知名院校建立了低年级（2年级）至高年级（4年级）2+2本科培养体系，以及完善的高年级毕业实习体系。每年通过选拔吸引包括生命科学专业、计算机专业、软件专业和数理专业的优秀本科生进入这一培养体系。经过2年的建设和完善，深圳华大基因研究院具备了更为完善的学习和实习条件，因此决定在国内拔尖院校中扩大本科生创新班和创新实习的规模，并且与后期华大-哥本哈根大学、华大-香港中文大学博士生攻读计划相衔接，为华大基因研究院和基因组和数字医学/生物学领域提供“实用型和未来型”的顶尖后备人才做出贡献。 2010年12月人类（健康）篇专题研讨班上海地区生物信息学研讨班2010年10月经典论文回顾系列之水稻（植物）篇专题研讨班纪念华大十一周年 经典论文回顾系列2010年8月生物信息学前沿技术专题班2010年7月生物信息学统计算法暑期班（北京）2010年 美国国家综合进化研究院NEScent·BGI联合系统发育暑期班2010年广州地区专场培训班2010年7月生物信息学前沿技术专题班2010年6月表达谱，转录组专题班2010年5月台湾学者研讨班 (已结束)2010年5月前沿技术培训班生物信息学军科院应用专题培训班 (已结束)2010年首届生物信息学研讨班台湾学者研讨班生物信息学新技术研讨班·复杂疾病方向【生物信息校园系列第一站（第二期）】中国农大·农业方向【生物信息校园系列第二站】----首医大医学方向【十周年特别推荐·深圳】生物信息学前沿技术专题培训班医学继续教育培训班 华大基因自1999年9月9日成立以来，在科学、技术、产业等方面都取得了辉煌的成就，不仅为中国和世界基因组科学的发展做出了突出贡献，更奠定了中国基因组科学在国际上的领先地位。但丰硕成果的背后，华大人不会忘记的是对社会的回馈。为了推动基因组学在青少年群体中的普及和发展，进一步培养和发掘基因科技人才，华大基因一直致力于基因科普工作的推广。目前，深圳华大基因研究院已被深圳市科学技术协会授予为深圳市科普教育基地，随后又挂牌成为北京青少年科技俱乐部学术指导中心。2009年暑假，深圳华大基因研究院与北京青少年科技俱乐部合作，成功举办了高中生“探索生命奥秘”夏令营活动；并与北京大学、武汉大学、华南理工大学等多所全国重点高校合作，举办了大学生“基因组与生物信息学”暑期班活动。活动期间，中央电视台教育频道、深圳电视台等媒体先后进行了跟踪报道，反响热烈。深圳华大基因研究院现已成立科普中心，每年暑假都会定期开办高中生夏令营及本科低年级暑期班活动。科普推广工作也将作为华大的一项长期工作持续推进。

主要分为三个步骤：数据获取、数据处理、数据分析。数据获取是通过各种方式从实验中获得数据的过程。数据处理是对获得的数据进行预处理、标准化、格式化等步骤的过程。而数据分析则是对处理后的数据进行统计、图形展示、差异分析、关联分析等。要想成功入门生信分析，首先要学会使用相应的工具来完成上述步骤。常用的工具包括R语言和Python语言。R语言是一门专门用于统计分布和图形展示的语言，而Python语言则通用性强，能够用于各个不同步骤中。学习R语言和Python语法时可以通过在线教程或者书本来学习。在学习了R语言和Python语法之后就可以使用相应的工具来安装生信相关的包了。常用的包有bioconductor和anaconda。生信分析是一门非常庞大的学科，如果你想要入门，可以考虑从学习素材开始。书籍方面，《生信实战》是一本很好的入门书，而如果你想要更加深入学习生信分析，可以考虑阅读《生信数据分析》。在线课程方面，“生信进阶之路”是我个人非常喜欢的一个免费课程，它包含了很多实用的生信分析方法。另外还有“基因组学”、“微生物学”、“遗传学”这三门课程，都可以帮助你更好地理解生信分析。

中国科学院大学华大教育中心中国科学院大学华大教育中心于2012年由中国科学院大学（原中国科学院研究生院）批准成立，该中心依托深圳华大基因研究院雄厚的科研实力和国际一流的师资力量，招收培养硕博层次的高端人才。培养采用中国科学院大学“两段式”模式，即硕士和博士研究生入学后，先在北京教学园区进行为期半年的基础课程和学位课程的集中学习，后两年半在华大教育中心开展科研实践并完成学位论文。中心拥有生物信息学、基因组学、生物工程三个硕士培养专业和基因组学博士培养专业，并已招收两届硕士研究生。中心兼职博导5人，兼职硕导4人，2014年计划在以上专业和领域招收全日制学术型硕士、博士研究生和全日制专业型硕士研究生。 本科创新班华大基因学院与国内10余所高校，如武汉大学、东南大学、华中科技大学、四川大学、电子科大、华南师大、安徽医科大、暨南大学、中国地质大学（武汉）、等签署本科创新班联合培养，培养了大批优秀的创新人才。培养模式分为两种，“”和“3+1+X”，即学生本科期间前（或3）年在学校学习，后（或1）年在华大进行科研项目实战培养，X则指本科毕业后，可继续硕士或博士联合培养。[span]在创新教育和合作基础上[span][span]，持续推进与相关高校的工程硕士合作班、科研合作、青年教师培训等。在前期良好的合作基础上，深圳华大基因研究院还与华南理工大学、青岛大学等共建“创新学院”。进行本科创新班、硕士、博士的联合培养。暑期项目暑期实习项目每年7月-8月期间，华大基因学院为国内重点高校（985/211）大二、大三年级，生物、数理、计算机类等专业学生及并接收优秀的境外高校学生提供为期一个月的华大实习机会。实习期间采取集中培训+项目实践的方式，使学生了解华大及生命科学前沿知识，体验华大项目带人才的培养模式。同时华大也将通过短期实习选拔优秀创新人才，双选后优秀者可被进入联合培养项目或就读华大教育中心的研究生。2009~2012期间，暑期实习项目已举办四届，参加实习的学员累计达到600人。2013年暑期实习项目报名工作已经截止，热诚欢迎有志从事生命科学研究的各位同学踊跃报名。夏令营（高中生）夏令营活动面向重点中学高一、高二学生招生，于每年7月-8月间开展，为期1-2周。夏令营以专家科普讲座与实验操作为主，目的是为了激发高中生对生命科学领域科研探索的兴趣，推动科普教育，提前选拔可能的优秀人才。夏令营活动已于2012年7月正式开展，面向深圳中学等重点合作中学招收高一、高二学生13人。 港中大-华大跨组学创新研究院香港中文大学与华大基因学院合作建立香港中文大学--华大跨组学创新研究院，以培养硕博研究生（目前是修课式硕士）为己任。香港中文大学与华大基因学院共同制定培养方案，共同开展教学。培养方式以修课为主，但课程实践性强，上机练习多，而且华大基因学院会提供项目实践机会。港中大--华大跨组学创新研究院持续合办修课式硕士课程，拟增设研究式博士课程。第一届招生9人，第二届招生拟录取26人（华大员工21人），并增招经验丰富的教师5名任教3门硕士课程。项目合作式研究生联合培养华大基因学院与哥本哈根大学，奥尔胡斯大学等国际性大学建立项目合作，联合培养硕、博研究生。由华大和合作院校共同选拔优秀人才，以华大员工身份赴国外深造。合作项目以研究为主，华大与合作院校将提供重大科研项目实践机会。哥本哈根大学已完成一届招生，共24人在读，奥尔胡斯大学已有4人在读。其他合作模式探索/暑期交流等除上述合作模式之外，华大基因学院还在不断探索其他的合作方式及渠道。哈佛大学：承接暑期实习项目，协调接收实习生1人。澳门大学：拟从合办硕士课程开始，待沟通共建学院事宜；澳门科技大学：已签合作框架协议，进行硕博联合培养；香港科技大学：承接RIPS-HK暑期实习项目，接收实习生4人；伊利诺伊大学香槟分校：组织协调交换培训课程，17名华大员工将赴美培训； 除学历教育之外，华大基因学院还开展以培训为主的非学历教育。与人力资源部共同承担华大基因全员培训工作。承接、实施人力资源部整体培训计划，实施考核，并对所有考核进行监督。新员工培训定期组织新员工入职培训，使其了解华大历史文化、组织架构、福利待遇等，尽快融入华大。大科学培训对华大全员进行大科学理念的培训。其他培训对华大人力资源培训计划中的其他各类培训组织实施培训。学习考试平台维护、管理、支持华大学习平台及考试平台，供全员学习、考核使用。考核监督对华大培训中需考核的部分，进行监督。 生物信息学培训华大基因于2005年起开展生物信息学培训，迄今为止已成功举办100多期生物产业类高端培训，国内学员达3000人次，国际学员达300多人次。生物信息学培训内容有前沿技术/热点类课程、经典案例分享类课程、技能实操类课程、量身定制类课程。医学类培训华大基因学院与华大健康及卫生部人才交流中心合作项目，为临床医生提供基因组学的前沿性知识，帮助其提升专业技能，并提供与同行相互交流的机会和平台。考核合格者被授予医学继续再教育I类学分。遗传咨询师培训华大基因学院的遗传咨询师培训邀请国际知名专家授课，培训结束后参与者将获得卫生部颁发结业证书，并被授予医学继续再教育I类学分遗传咨询师属临床医学咨询与健康管理服务类专业医务人员，以客户为中心，针对客户所关注问题，提供较全面的个性化遗传咨询等服务。 核酸测序平台 蛋白质谱平台基因操作平台 细胞学平台动物克隆平台 信息技术平台 华大基因学院现有高水平专家组成的教师团队共计48人（含兼职教师），承担学院本科和研究生的教学工作。有9名教师已被聘为“中国科学院大学华大教育中心”兼职硕博导（其中：博导5名，硕导4名）。除此之外，学院还在国际上聘请多名高水平专家，短期来华大基因学院从事教学活动，为学生提供了解学科和产业发展的最新方向和动态的机会。 华大基因学院自成立以来，与国内外多所教育机构建立合作，联合培养优秀人才。如国内的武汉大学，东南大学，华南理工大学，另有香港中文大学、哥本哈根大学、奥胡斯大学、美国加州大学戴维斯分校等国际知名高校。 华大基因学院与其他院校联合培养的学生在国际顶尖学术期刊（以CNNS为代表）发表文章共48篇，其中第一作者32篇；联合培养研究生在BGI为署名单位发表的文章共计265篇，其中第一作者占152篇。以本科创新班为例，已在CNNS系列杂志上参与发表科研文章达26篇其中8篇为第一/并列第一作者。华大基因学院的学生共参加发明专利44项，共参与开发软件著作权45项。 2012年10月7日，由麻省理工学院和BioBricks基金会主办的国际遗传工程机器大赛（International Genetically Engineering Machine Competition，简称iGEM）亚洲赛区中，由华大基因学院创新班学员组成的“Shenzhen队”凭借“酵母人工细胞器YAO #”课题，首次参赛即在57支队伍中脱颖而出，斩获金牌。