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有限责任公司股东退股后的清算方式：由清算组通知债权申报，并据此制定相关的清算方案。然后，按照所欠的职工工资、补偿金等费用，优于其他社会保险费、税款，优于普通债权的顺序进行清偿。【法律依据】《中华人民共和国企业破产法》第一百一十三条破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照下列顺序清偿：（一）破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金；（二）破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款；（三）普通破产债权。破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按照比例分配。破产企业的董事、监事和高级管理人员的工资按照该企业职工的平均工资计算。
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股东中途退股应按照下列方式进行清算：1、如果股东通过转让股权给其他股东以及其他股东以外的第三人来退股的，转让价格可由双方协商确定；2、如果股东通过请求公司回购其股份来退股的，清算价格可由评估机构合理合法地确定。【法律依据】《中华人民共和国公司法》第七十一条有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。第七十四条有下列情形之一的，对股东会该项决议投反对票的股东可以请求公司按照合理的价格收购其股权：（一）公司连续五年不向股东分配利润，而公司该五年连续盈利，并且符合本法规定的分配利润条件的；（二）公司合并、分立、转让主要财产的；（三）公司章程规定的营业期限届满或者章程规定的其他解散事由出现，股东会会议通过决议修改章程使公司存续的。自股东会会议决议通过之日起六十日内，股东与公司不能达成股权收购协议的，股东可以自股东会会议决议通过之日起九十日内向人民法院提起诉讼。
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