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注册会计师由财政部管理，而不是注册会计师协会管理。
2019年3月20日财政部修改《注册会计师注册办法》。办法里面规定说注册会计师违反《中华人民共和国注册会计师法》第二十条、第二十一条规定，由财政部或者所在地的省级财政部门给予警告；情节严重的，可以由财政部或者所在地的省级财政部门暂停其执行业务或者吊销注册会计师证书。
财政部和省级财政部门应当按照《中华人民共和国行政处罚法》及有关规定实施行政处罚，并将行政处罚决定抄送中国注册会计师协会和注册会计师所在地的省级注册会计师协会。
由此可以确定注册会计师是由财政部管理。
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《注册会计师法》第五条规定： 国务院财政部门和省、自治区、直辖市人民政府财政部门，依法对注册会计师、会计师事务所和注册会计师协会进行监督、指导。
1、《会计法》确立了“三位一体”的会计监督体系。所谓三位，是指会计监督体系的结构包括三个层次：即单位内部的会计监督、政府监督和社会监督。所谓一体，是指各层次监督之间的相互联系、相互协调形成一个有机整体。
2、单位内部监督是指为了保护其资产的安全完整，保证其经营活动符合国家法律、法规和内部制度，提高经营管理水平和效率，而在单位内部采取的一系列相互制约、相互监督的制度与方法。内部监督的本质是内部控制，是内部管理的重要组成部分。
3、社会监督主要是指由注册会计师及其所在的会计师事务所依法对委托单位的经济活动进行审计、鉴证的一种监督制度。社会监督是对内部监督的再监督，其特征是监督行为的独立性和有偿性。
4、政府监督主要是指财政部门代表国家对各单位和单位中相关人员的会计行为实施的监督检查，以及对发现的违法行为实施行政处罚。政府监督是对内部监督和社会监督的再监督，其特征是强制性和无偿性。
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