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代垫的运费计入应收账款会计科目，具体的会计分录也要分情况如下：借应收账款，贷银行存款。公司销售货物代垫运费应由购买方承担，因此在确认收入时与货物的价税款一起向购买方收取，计入”应收账款“中。应收账款是指企业因销售商品、提供劳务等经营活动，应向购货单位或接受劳务单位收取的款项，主要包括企业销售商品或提供劳务等应向有关债务人收取的价款及代购货单位垫付的包装费、运杂费等。注意运杂费的票据抬头要填写购买商品的公司名称，这些票据要同发票一并交给购货的公司，支付代垫运杂费的支出依据，由办理此笔业务的人员填写代垫运杂费的支出单，作为记账的依据。
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代垫运费会计分录：借：应收账款，贷：银行存款，收回代垫运费的会计分录：借：银行存款，贷：应收账款，支付运费对应进项税额能否抵扣的处理：销售货物时，支付运费：如果销售的货物是免税增值税项目、简易计税方法计税等不能产生销项税额的，则支付的运费即使取得增值税专用发票，也不能抵扣进项税额；购买货物时，支付运费：如果外购货物是用于免征增值税项目、集体福利或个人消费等不能产生销项税额的，则支付的运费即使取得增值税专用发票，也不能抵扣进项税额；如果外购货物用于了增值税应税项目，取得普通发票，但是支付的运费取得增值税专用发票的，则可以凭票抵扣运费的进项税额；如果未取得增值税专用发票的，则不得抵扣运费的进项税额。
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代垫运费时借：其他应收款-代垫运费-某某单位10万 贷：银行存款10万收回货款及运费借：银行存款70万 贷：主营业务收入60万 贷：其他应收款-某某单位代垫运费10万
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