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一，最大的区别在于预算会计中少一个会计要素——“利润”，所有者权益也叫“净资产”，然后由此引起一系列其他不同。 二，企业财务会计与预算会计的区别主要在三方面：1.核算主体的微观性企业财务会计是以某一企业为主体，核算内容只能是本企业所发生的经济活动，一切与本企业经济活动相联系的、应归属于对方的核算内容，则不应该在本企业进行核算，这也是企业会计主体内在的质的规定；而预算会计是以整个国家预算执行为中心来组织核算，它既要核算各个非物质生产部门的预算收支情况，也要核算物质生产部门的经济效益和利税上缴情况。2.核算过程的复杂性企业财务会计的核算过程要涉及供应、生产、销售三个过程，而且每一过程都涉及收付两个方面，核算过程复杂；而预算会计的核算过程只涉及预算收入和预算支出两个方面，没有生产和销售环节，核算过程相对简单。3.核算目的的营利性企业财务会计核算的最终目的，就是通过核算，使企业以最少的资金耗费，取得最大的经济效益；而预算会计核算的目的在于体现预算收支政策的执行情况，不在于营利。
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预算会计是以货币为主要计量单位，对会计主体的经济业务进行连续、系统、完整的核算和监督的经济管理活动。具体地讲，它包括以下三个方面的含义：（1）从学术上讲，预算会计是以会计学原理为基础的一门专业会计，同其他会计一样都是以货币为主要计量单位，采用一系列科学的方法，对会计主体的经济业务进行连续、系统、完整的核算和监督的经济管理活动。（2）预算会计的主体是各级政府及各类事业、行政单位。财政总预算会计的主体是各级政府；事业单位会计和行政单位会计的主体，是指会计为之服务的事业、行政单位。（3）预算会计的客体或者对象，是财政性资金运动、单位预算资金的运动以及有关经营收支过程和结果。具体地讲，财政总预算会计的核算对象主要是预算收入、预算支出和预算结余等多项财政性资金活动。行政单位会计的对象主要是单位预算资金的领拨、使用及其结果。事业单位会计的核算对象主要是单位预算资金及其经营收支过程和结果。
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行政事业单位会计也称为预算会计，与企业会计相比具有以下主要特点：（l）会计核算的基础不同预算会计中，财政总预算会计和行政单位会计以收付实现制为会计核算基础，事业单位会计根据单位实际情况，分别采用收付实现制和权责发生制。企业会计均以权责发生制为会计核算基础。（2）会计要素构成不同预算会计要素分为五大类：即资产、负债、净资产、收入和支出。企业会计要素分为六大类：即资产、负债、所有者权益、收入、费用和利润。即使相同名称的会计要素，其内容在预算会计与企业会计上也存在较大差异。（3）会计等式不同预算会计的会计等式为：资产=负债十净资产；企业会计的会计等式为：资产=负债十所有者权益。（4）会计核算内容及方法有其特殊性在预算会计中，固定资产一般应与固定基金相对应，固定资产不计提折旧；对外投资一般与投资基金相对应；对专用基金实行专款专用办法；一般不实行成本核算，即使有成本核算，也是内部成本核算；没有利润及利润分配的核算等。企业会计中，固定资产计提折旧，进行成本核算。(5)会计报表的内容不同预算会计报表包括资产负债表、收入支出表、基建投资表、 附表及会计报表附注和收支情况说明书等；企业会计报表包括资产负债表、利润表、现金流量表、所有者权益变动表附表及会计报表附注和财务报告说明书。
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