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学校执行的是自2014年1月1日起施行的《中小学校财务制度》（财教〔2012〕489号）、民办学校执行的是自2005年1月1日起实施《民间非营利组织会计制度》。
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中小学校财务管理实行校长负责制。中小学校以校为单位进行会计核算。实行“集中记账，分校核算”的，不改变学校财务管理权。即在一定区域内，由县级财政和教育部门确定的会计核算机构统一办理区域内中小学校的会计核算，学校设置报账员，在校长领导下，管理学校的财务活动，统一在会计核算机构报账。具体采取何种方式，由地方财政和教育部门根据当地实际情况定。中小学校财会人员的任职条件、工作职责、工作权限、专业技术职务、任免奖罚，应当严格按照国家会计法律制度执行。非独立核算的勤工俭学、社会服务和经营等项目的财务活动，由学校财务部门统一管理。义务教育阶段学校按照国家有关规定不得从事经营活动。中小学校食堂应当坚持公益性和非营利性原则，在学校财务部门统一管理下，实行单独核算，定期公开账务。
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民办学校（中、小学）可执行《中小学校会计制度》。
《制度》第二条规定：本制度适用于各级人民政府和接受国家经常性资助的社会力量举办的普通中小学校、中等职业学校、特殊教育学校、工读教育学校、成人中学和成人初等学校（以下统称中小学校）。其他社会力量举办的上述学校可以参照本制度执行。各级人民政府和接受国家经常性资助的社会力量举办的幼儿园依照本制度执行。其他社会力量举办的幼儿园可以参照本制度执行。
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