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整个国库集中支付系统包括：公共基础资料管理、预算指标管理、用款计划管理、支付管理四部分，有的地方还包括会计核算，其中公共基础资料管理一般由系统维护人员（信息中心）来维护，预算指标管理一般由财政预算局来管理，用款计划一般由预算单位申请，经财政业务科室、预算局、预算执行局来审核、批复，支付管理是预算单位根据财政批复后的用款计划，进行支付申请。会计核算是预算单位根据国库集中支付后的收、付款入账通知书进行会计核算。
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简单的说：会计管帐，出纳管钱。 但是会计与出纳之间是分工与协作的关系，主要表现为：作为记账凭据的会计凭证必须在出纳、明细账会计、总账会计之间按照一定的顺序传递。它们相互利用对方的核算资料，共同完成会计核算任务，缺一不可。同时，他们之间互相牵制。出纳的现金和银行存款日记账与总账会计的现金和银行存款总分类账，总分类账与其所属的明细分类账，明细分类账中的有价证券账与出纳账中相应的有价证券账，均有金额上的等量关系。这样出纳、明细账会计、总账会计之间必须相互核对账目以保持一致。会计工作必须实行钱账分管，出纳人员不得兼管稽核和会计档案保管，不得负责收人、费用、债权债务等账目的登记工作。总账会计和明细账会计则不得管钱管物。
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