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看你关注哪个方面，如果从市场需求来说，报市政好，需要的单位较多，挂靠价格要比机电高，假设以后不在目前公司上班了，也容易转到其他单位。如果你公司比较缺机电或者说你希望在机电领域里发展，那你考个机电也不错。
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二级建造师是分六个专业的．其中机电工程和市政工程的区别主要在以下几个方面：机电主要做水电工程，如管道，电气，通风，化工，弱电，消防，设备等，市政工程主要做城市轨道交通，如地铁，隧道，市政建设，园林等．可以参照这二个专业的实务教材做以比较．
